故事要回到变异宝贝身上，自从她被潜伏者拘押在研究所后，由于长时间的关押，性格发了扭曲，产生了新的变异，变成了变异宝贝，有着更加强悍的能力，她大闹了一顿研究所之后，成功逃离了潜伏者的研究所，本以为她应该能够自由自在了，可是，事情就是这么狗血，刚刚脱离虎穴的她，转个弯又进了狼窝。

　　就在逃离潜伏者研究所没多久之后，变异宝贝再一次被抓了，只不过，这一次抓她的人并不是潜伏者和保卫者，而是Blitz，在这里，变异宝贝感受到了啥叫真正的绝望，Blitz的人在她的身上进行了各种各样的试验，这些试验让变异宝贝痛不欲生，尽管她已经完全没有了人类的意识了，但是，肉体上的疼痛还是能够感受到的。

　　Blitz对她进行了惨无人道的实验，这些实验大多都让变异宝贝痛不欲生，但是，变异宝贝却在这种实验中逐渐地成长和觉醒，此时，Blitz收到了一个情报，得知了保卫者的一个位于雪山的研究所正在秘密研究生化兵器，打算对付自己，Blitz自然不会傻到这个地步，于是，派遣部队袭击了这个地方。

　　很快，Blitz的袭击便达到了预定目的，他们摧毁了保卫者的这个研究所，并且在这个研究所里面俘虏了保卫者研制的一种生化兵器“蜘蛛女妖”，这让Blitz的研究人员喜出望外，他们提取了蜘蛛女妖的病毒血清，为了试验这种病毒血清的效果，他们将病毒血清注射进了变异宝贝的体内。

　　变异宝贝在被注射了变异病毒之后，身体并没有发生任何的改变，这让研究员们都感到了十分的诧异，于是，他们再次把变异宝贝关押了回去，但他们怎么也没想到的是这种病毒是有一定的时效性的，就在他们将变异宝贝关押回去之后，第二天去检查时，却发现变异宝贝不见了，他们急忙打开了关押的门。

　　不料，变异宝贝再次出现了，她几下就解决掉了Blitz安保人员逃了出去，原来，在这个晚上，她因为病毒的作用下，身体出现了变异和觉醒，觉醒后的她不仅拥有了隐身的能力，还可以治愈受伤的生化幽灵，凭借独树一帜的能力，变异宝贝彻底转换成了女皇终结者，逃出去的女皇终结者并没有太好。

　　逃出去没多久的她又再次被Blitz给抓了起来，恰好，可以利用女皇终结者来进行一次实验，于是，她便被投放到了一个遗迹上，和那些保卫者的佣兵部队作战，故事到这里就告一段落了，其实，整个女皇终结者的剧情都不怎么好解释，不过，可以肯定的是这个终结者真的不怎么好用，这倒是事实。

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